Tidiga fungicider var oorganiska föreningar, bland vilka svavelpulver och kopparpreparat (se Bordeauxblandning) används än idag. År 1914 använde I. Reem från Tyskland för första gången organiska kvicksilverföreningar för att bekämpa vetesmuts, vilket markerade början på utvecklingen av organiska fungicider.
1934 upptäckte WH Tisdale och andra i USA de bakteriedödande egenskaperna hos dimetylditiokarbamat. Sedan dess har organiska fungicider börjat utvecklas snabbt. Det finns tre huvudserier av organiska svavelfungicider som utvecklades på 1940- och 1950-talen: thirams, dysons (som zinkdysons) och triklormetyltiodimetylkarboximider. Dessutom har organiskt klor, organiskt kvicksilver, Organiska arsenikfungicider utvecklats. De flesta av dessa fungicider är skyddsmedel och har begränsningar i tillämpningen.
Sedan 1960-talet har fler kemiska typer av fungicider dykt upp och det viktigaste framstegen är tillkomsten av systemiska fungicider.
1965 utvecklade Japan den organiska fosforfungiciden Daobenjing. 1966 utvecklade USA blåregn. 1967 utvecklade USA benomyl. 1969 utvecklade Japan tiofanat. Tricyklazol utvecklades i USA 1977, metalaxyl utvecklades i Schweiz och aluminiumtrietylfosfat utvecklades i Frankrike 1978. De systemiska medlen som representeras av ovanstående har blivit huvudfåran i utvecklingen av svampmedel sedan 1970-talet. Samtidigt har jordbruksantibiotika utvecklats snabbt. Organiskt kvicksilver, organisk arsenik och vissa organiska klorfungicider fasas gradvis ut på grund av toxicitet eller miljöföroreningar. Den nya generationen systemiska medel har ytterligare utökat marknaden för fungicider på grund av deras förbättrade kontrolleffekter. På 1980-talet fanns det mer än 200 sorter av fungicider. Enligt undersökningen nådde försäljningen av fungicider i världen 1985 2,54 miljarder US-dollar, vilket motsvarar 18,4 procent av den totala försäljningen av bekämpningsmedel.
År 1984 stod försäljningen av systemiska medel i fungicider för 44,2 procent och icke-systemiska medel för 55,8 procent. Under nästan ett halvt sekel har utvecklingen av fungicider främst fokuserat på medlen för förebyggande och behandling av svampsjukdomar, medan forskning och utveckling av medel för förebyggande och behandling av sjukdomar orsakade av bakterier och virus fortfarande är otillräcklig. Sedan 1950-talet har Kina främst utvecklat skyddande fungicider. Sedan 1970-talet har man börjat utveckla systemiska fungicider och jordbruksantibiotika och har slutat använda organiska kvicksilvermedel. Eftersom appliceringstekniken för fungicider är relativt komplicerad är utvecklingshastigheten inte lika snabb som för insekticider. Men den skyddande effekten av fungicider på jordbruksproduktionen har blivit mer och mer erkänd av jordbrukare. Med moderniseringen av Kinas jordbruk kommer utvecklingen av fungicider oundvikligen att accelerera.